רשות ניקוז ונחלים ירקון הוקמה במאי 1997, והחלה לפעול רק ביולי אותה שנה. 36 רשויות מקומיות חברות ברשות הניקוז, מהן 21 עיריות, 9 מועצות מקומיות ו-6 מועצות
אזוריות. סה"כ השטח המוכרז באחריות רשות הניקוז הוא 40% בלבד משטח האגן כ-800 קמ"ר, בתחום הנמצא מערבית לקו הירוק בו חל החוק הישראלי. בתחום זה הרשות
מטפלת בכ-500 ק"מ נחלים ותעלות ניקוז.